在《最高指挥官2》中玩家们可以体验超大规模的血腥战役！在战争中，玩家可以定制庞大的军队，而且任何时候都可以投入实验性质的战争机器，改变整个战局！玩家可以选择成为三个神秘的战争指挥官中的任何一个，他们每一个都代表一个独特的阵营，拥有丰富的故事，代表了RTS类型的一个新的高度。你还可以选择这些阵营进行在线的战斗！你会忠诚于哪一方？
人类
第一关
本关是防御关口。开始后地图上部和下部都有敌军。你的部队也大致分为上下两部分。不过为了减少损失，你可以将所有部队集合起来。用指挥官（大机器人）作肉盾。消灭基地内部的敌人后，会有一段发展的时间。抓紧时间在入口处造几个防御塔，让工厂生产坦克。工程师可以去回收残骸，指挥官可以去加速坦克生产。然后机械人部队就会入侵。用防御工事消耗掉小机器人，最后会有俩架大蜘蛛机器人，集合所有部队将其消灭即可通关。
第二关
还是防御关。开局可以造防空塔，也可以集中资源生产战斗机。造些科技塔以加速科技点的取得。科技优先点开gunship（炮艇机）然后就可以憋gunship。由于初期敌人没有防空，因此第一个任务很好完成。先派战斗机把敌人的gunship打掉，然后你的gunship就无敌了。但是不建议马上就完成任务。可以先准备20架的战斗机和40架的gunship再完成任务。第一个任务结束后，右下角的基地就归你了。在那造些防空。把所有的gunship方的地图的左上角去完成支线任务。强行点掉对方的四个资源塔后再把gunship调回右下基地防御。然后就可以憋地面部队了。敌人的主基地有n多的防御塔，所以可以造30个左右的火箭tank然后就造20个的长程大炮。然后就慢慢推过去。长程大炮的射程比防御塔长所以慢慢的向前走，停下后炮就会自动攻击射程内的敌军。注意不要太靠前。Tank跟在后面解决敌人的机器人。这样就可以做到无损。消灭掉对方四个生产建筑后就可以通关。
第三关
是海军关。第一个任务是在指定位置造资源塔。先憋科技，点开battleship。本关比较简单，但要无损比较困难，主要是海军防空力量很弱。理论上海军在潜艇和battleship之间的那种船（应该是巡洋舰吧）是专职防空的，但实际感觉效果不佳。因此先憋战斗机40架左右，5架潜艇和25个battleship。憋完了后建造最后一个资源塔，开始第二阶段任务。先让战斗机清理敌人的空军然后就可以把潜艇开过去。在地图中部有一个鱿鱼一样的东西，点掉他后潜艇撤退，battleship上前推平对方基地。基本方法和上一关一样。
第四关
这一关的空军力量很重要。开始后敌人会从地图右边出大坦克，让gunship去点掉，不要忘了战斗机护航。Gunship无法对空攻击但却可以攻击对方的gunship。憋海量的战斗机和40几架gunship敌人会从上方和右边出大坦克，不过量很少，可以很轻松的防住。防好后派gunship和战斗机去清理右边和上方的平台。消灭那里的敌方单位后那两个平台出的打坦克就是你的了，不过不能控制。在大坦克的必经之路上派些战斗机这样他们就可以为你推平对方基地了。这个过程中家里不要忘记憋gunship用科技点点开A-1000s，就是造型像是gunship的放大版的大飞机。这种飞机的制造工厂在工程师建造菜单的最后一页，用ACU加速建造，
弄出几架来。到最后敌人会放弃基地，直接从中间的那个平台向你的基地进攻，用A-1000s把他们推到就通关了。
第五关
防御作战。难度很大。开始后工厂出高炮，工程师建造防空塔，机场出战斗机。地面防御则交给重工厂出的大tank。基本防住后憋科技出大机器人，造几个机场憋战斗机，大概除去基地防御外还要60架以上，另外搞10架左右的轰炸机或gunship。这是敌人会对居民区放核弹，等你憋出3到4个大机器人后就一路推过去吧。大机器人可以无视一切地面攻击，空中的威胁则用战斗机摆平。一路推到敌人主基地，用大机器人把对方的防御都摧毁然后撤退，用轰炸机攻击对方指挥官。指挥官没血了就会自爆核弹，所以除了轰炸机，其他单位要远离。对方指挥官死了后就通关了。
第六关
人类的最后一关。一开始你的部队要到达你的主基地。路上有67波敌人。用指挥官当肉盾，尽量不要损失部队。后面几波敌人有工程师，用指挥官的转化功能把它转化过来，给指挥官加血。到达主基地后就是防御作战了。建议有科技点的优先点开第四页地第二排的科技。全点开后电厂就无敌了，可以维修，可以对地还可以防空。敌人从右下角会源源不断的飞gunship过来，如果你有空军还会飞战斗机。建议造成排的防空塔配合电厂防空，正面战场上敌人主要是些小型单位，用你带过来的单位就可以防住。建议多造几个固定的护盾，然后再造两个电厂，它能自动修理受损的单位，防住后就可以憋科技和钱，点开第四页的所有科技后，工程师建造菜单的最后一页中，唯一没有横条的就是巨炮。造4个以上的巨炮，点掉任务提示的点，同时建造几个核弹发射井（在建造菜单第二页，标有核武标志的那个）然后用核弹把大楼炸平吧。
精灵
第一关
海洋防御。这一关我打了好几次才找到诀窍。一开始先不要去转化中立建筑，那些防御塔基本没有。要首先点开sea hunter的科技，然后就出sea hunter。这一关敌人是机械族的舰队，射程超远，防空火力极强，因此普通工厂出的坦克和飞机基本上没啥用处。资源上出了开始处的几个资源点外，在地图左侧中部有几个资源建筑可以转化过来，另外这幅地图有好几处残骸，也可以回收。防空主要靠工厂出的高炮，等sea hunter和高炮消灭掉第一波敌人后可以把兵屯在河口。这时可以把河口的那出中立建筑转化过来。这些建筑中有一个是远程大炮可以达到敌人，敌人的攻击却被山挡住，比较有用。到了后期，敌人会出一个巨型的gunship，相当于人族的A-1000s，火力很猛，皮很硬，在困难模式下，我用了100+的高炮，100+的战斗轰炸机都没把它搞死。等消灭所有敌方海军就通关了。
第二关
难度不大，开始时就有海量的军队，在扫平中央平台后放下基地，主要是工厂，本关中空军作用不大。攒10量作用的远程炮兵后配合坦克和机甲可以扫平左右两个平台。注意敌人会从左右两个平台出攻过来，因此要造几个对地防御塔。扫平两边平台后可以收获资源，攒够足量的部队就推过去吧。对方会出蜗牛一样的单位，用海量的长程炮兵dps掉他。注意在队里放些防空。，拆掉所有建筑后通关。
第三关
2v2.上面那家有海量空军，右边那家有海量陆军。初期建筑成排的防空塔，对方会出一波波的gunship，不过不会来A-1000.有钱的话补几个防地塔，没钱的话靠初期部队也可以。攒钱攒科技出5个左右的大机器人和100+的战斗轰炸机。先把部队开到中央平台，先去上家。用战斗轰炸机清掉所有gunship和a-1000然后大机器人上，亲掉一半以上的建筑，然后撤退，让友军解决战斗，去吃acu的核自爆，注意敌人acu的血量，不要被自爆吃到。右边那家如法炮制，不过没有友军可以利用，所有派些gunship去吃自爆吧。两个ACU挂掉后就通关了。
第四关
先派一个工程师去占领建筑。这是一个跳跃门。占领完了后把跳跃门的另一端放在左边那个平台上，派你所有的坦克部队过去，不要派其他单位，清掉对方单位和唯一一个防地塔。然后迅速回来。不要让他们破坏其他建筑。再派一个工程师过去把所有建筑占领。这一关的科技里可以解开一种建筑。他可以不建在资源点上就可以源源不断的生产资源。另外，还可以生产一种防空机器人，可以在重工厂中建造。这一关中除了建造一个工厂来生产工程师外，其他地方都建重工厂，造3个，都用工程师和ACU加速。家里放3个防空机器人就可以防住对方空袭。攒3到4个大机器人，3个防空机器人。重新设置跳跃塔的出口到敌方的平台，然后现实大机器人传送，再是防空机器人传送。如果顺序搞错，敌人的第一波轰炸会摧毁一个防空机器人。然后就是平推过去。建议先推平所有的造兵建筑，在攻击中央的建筑。建议最后一下由友军来完成，自己部队稍微离得远点。推平建筑后友军会放核弹。通关。
第五关
方法一，狂造防空机器人和核弹井，一下子造9个，然后看谁不爽就扔上去。敌人有反核弹导弹，但是防不住9颗核弹齐射。
方法二，狂造防空机器人和大机器人，推平对方老家后用gunship完成最后一击，注意自己高价值部队不要吃到对方ACU自爆。
这一关重点在防御。由于有无限资源的建筑和敌人源源不断送过来的残骸，所以不缺钱。敌人的导弹机器人很恶心所以尽快出5个反导部队（工厂最后一个）和大量防护罩。方向是上方。右上1点半和3点方向则是不断的gunship和轰炸机，还会有a-1000，可以用成排防空塔加防空机器人防住。到中期，中央平台的友军撑不住前可以造个跳跃门把部队跳过去，在平台3点方向放2个大机器人就可以防住对方地面部队，11点方向放几个防空机器人就可以防住空军部队。本关新解开2个超级兵种和一个超级建筑。两个兵种一个是飞碟，只能对地，感觉很脆。还有一个是履带上放一个杯子。这个东西是防御型的。把它就位后展开。他就不能移动了，但可以吸取敌方的小型单位。是不错的防御武器。超级建筑则是能把附近的敌方陆地单位转化为我军的。转化速度很快。我有一局到结束时共转化了五只机械人的蜘蛛机器人。消灭所有敌方的ACU后通关。
机械人
第一关
防御战。高难度。敌人很快就会出兵。速度建防地塔，大概4个一个方向，总共有11点1点和4点三个方向。然后就防空。机械族的防空坦克兼有反空军反导弹和护盾三个特点性价比很高。建好防空和护盾塔，有钱的话就可以出战斗轰炸机和大蜘蛛机器人。我感觉机械族的单位功能都很全，性价比特别高。大蜘蛛既能对地又能对空，射程还特别远。一个蜘蛛就可以挡住一面的地面攻击。不过在空军面前他有点脆。建议多造些战轰防空。防御有时间限制，时间到后老家的那个大脑没被拆就通关了。
第二关
敌人没有兵但会出海量的工程师来转化你的单位。开局速度建防地塔，建8个左右。ACU走到上方打掉在偷偷建塔的工程师。完了后开憋蜘蛛。敌人会源源不断的来送钱，果然是怪傻钱多。如果有余钱可以造几艘battleship。憋完蜘蛛，推平敌人所有东西。然后让ACU转化目标建筑。完成通关
第三关
又是防御战。把所有部队都排到友军基地。就留下一个工程师，在资源点造采集塔。第一波防住后建一个工厂出工程师，然后就出蜘蛛。敌人以陆军为主，少量空军可以用初始的8架战轰加蜘蛛防住。工程师除了收集残骸外，还可以空运到各个小平台去转化建筑。完了不要忘记在那建2个防空塔。第一阶段任务有三个平台可以占领。防御完了后还有一个。攒蜘蛛的同时开攒gunship，攒个100+吧。防御完了就是进攻，蜘蛛一路推过去。看到敌方ACU就在最远射程打，这是唯一一个打ACU不用怕自爆的超级单位。ACU爆掉后会出一只恐龙，很硬。用蜘蛛的射程放风筝，边打边走，让gunship一哄而上，围殴死他，通关。
第四关
地图同精灵的最后一关。打法同精灵最后一关。所以就说说新单位。机械人重工有两种。一种产陆地单位一种产空中单位。就称重陆和重空吧。重空产两个超级单位，一个是运输机，可以运输陆地超级单位（人族也有类似得），还有一个就是超级gunship。就是在精灵第一关中出现过的那家伙。实际运用时，除了皮稍薄，射程短外，没有缺点.
第五关
海战。机械族的海军皮厚射程远防空火力强，还可以上陆地。所有这一关就狂造battleship。敌人也会用它来狂攻。所有速度让battleship形成规模，对方就只是来送钱罢了。本关可以出海军超级单位鱿鱼。近乎无敌的海上单位。建议先下潜，跑到敌人近身上浮将其摧毁。然后battleship开进，消灭对方地面部队和建筑。打爆对方ACU过关。
第六关
最终关，那个爱放核弹的小子也自爆了。本关还是防守反击。钱近乎无限。初期就有巨量的残骸，后期残骸更多。对方拥有两个种族的科技，无论地面空中都很猛，所以要注意防守。防守同时攒超级gunship，攒到20+，打爆所有能打爆的东西通关。